A cidade do Penedo foi assentada sobre o ponto mais alto de um promontório, às margens de uma grande curva do rio São Francisco, no Estado de Alagoas, a cerca de 40 km da sua foz. Desses penedos, herdou seu nome.
A data de sua fundação é incerta, mas registros históricos dizem que já haveria um acampamento francês na região desde 1522, que daria suporte à extração do pau-brasil. Em 1560 já era uma povoação portuguesa.
Sua rica história conta episódios da dominação holandesa do Nordeste do Brasil no séc. 17, sendo ocupada entre 1637 e 1645. No ponto mais alto dos penedos, os holandeses construíram um forte, do qual nada mais resta senão sua influência no traçado das ruas do centro da cidade. Na área interna ao que teria sido o forte, situa-se o Solar Atlântico.
Até o início do século 19, foi uma das três mais importantes cidades de Alagoas, junto a Porto Calvo e Vila Madalena do Sumaúma (atual Marechal Deodoro). Na segunda metade do século 19, foi ponto de passagem de vários naturalistas estrangeiros, responsáveis pelas pesquisas voltadas ao enriquecimento científico do Brasil nas áreas da Botânica, Geologia e Antropologia. Em 1859 recebeu a visita do imperador Dom Pedro II.
Cidade rica em cultura, teve seu primeiro teatro funcionando na Casa São Francisco até 1884, quando foi inaugurado o Theatro 7 de Setembro, ainda hoje em funcionamento. A cidade contava ainda com pequenos palcos na sede do Círculo Operário e na Sociedade Montepio dos Artistas . No final do séc. 19 e início do séc. 20, vários jornais eram editados na cidade. Hoje toda essa riqueza praticamente se esvaiu, restando a história escondida nas suas construções centenárias, muitas em plena decadência.